Celiakia charakteryzuje się stałą nietolerancją pokarmową glutenu, czyli białka zapasowego, które występuje w pszenicy, życie, jęczmieniu, owsie. Gluten działa na organizm bezglutenowca toksycznie – powoduje zanik kosmków jelitowych, które odpowiadają za przyswajanie składników odżywczych. Obecność glutenu prowadzi więc do upośledzenia wchłaniania pokarmu, witamin, minerałów i innych składników odżywczych ważnych dla organizmu. W efekcie powoduje to szereg trudnych do zdiagnozowania dolegliwości.